L’Erbario del Museo Botanico nasce nel 1835 da un primo nucleo di piante che Giuseppe Antonio Bonato, all’epoca direttore dell’Orto, decide di donare all’Università di Padova nel momento in cui, dopo oltre quarant’anni di lavoro, viene mandato in pensione. Attorno a questo gruppo si sono aggiunte nel tempo, grazie a donazioni e acquisti, numerose collezioni fino ad arrivare ai circa 700.000 esemplari attuali. Il codice internazionale con cui è conosciuto l’Erbario è PAD e conserva specie raccolte tra la fine del Settecento e i nostri giorni con un 60% circa di esemplari provenienti dalle Tre Venezie e dalla penisola Istriana.
Nell’Erbario sono conservate importanti raccolte di piante superiori, come la flora della Dalmazia di Roberto de Visiani, ma anche collezioni di altro tipo. Tra queste vi è l’algario di Achille Forti con circa un migliaio di generi diversi provenienti da acque dolci e salate di tutto il mondo cui si aggiungono quasi 8000 vetrini con diatomee. Un altro esempio è l’erbario personale di funghi di Pier Andrea Saccardo, una raccolta consistente e di grande importanza poiché contiene oltre 4000 typi.
Vi sono quindi le numerose collezioni del Museo. Tra queste, ci sono quattro diverse raccolte di semi la più consistente delle quali è composta da circa 16.000 provette con specie e varietà coltivate nelle campagne, in parchi e giardini, utilizzate in medicina, esotiche e autoctone. Vi sono poi le tavole didattiche e, in particolare, quattro serie di cui tre di origine tedesca e una italiana, pubblicate tra la fine dell’Ottocento e gli inizi del Novecento a seconda della collezione considerata. Il Museo conserva anche due raccolte di modelli fungini, una prodotta in creta verso la metà dell’Ottocento, l’altra costruita in cera d’api agli inizi dell’Ottocento oltre a due pannelli anatomici, anch'essi creati in cera nel XIX secolo. Ma sono presenti anche legni, frutti, collezioni dedicate alla medicina e molto altro, un patrimonio botanico strettamente connesso con le attività e gli studi che hanno caratterizzato l’Ateneo Patavino a partire dalla fine del XVIII secolo.