L’attuale liceo “Duca d'Aosta" è ospitato nell'area della cosiddetta cittadella francescana, costruita agli inizi del XV secolo, che raggiunse il suo massimo splendore nei secoli XVII e XVIII. Il cuore del monastero era la biblioteca, edificata tra il 1753 e il 1761 dal francescano Michelangelo Carmeli, professore di Lingue Orientali all'Università di Padova, e affrescata con scene mitologiche, decorazioni raffiguranti le Scienze e le Arti, ritratti dei filosofi greci Socrate e Platone e dell'oratore Demostene. Gravemente danneggiata da un incendio nel giugno 1995, la biblioteca è stata restaurata nel 2011.
In seguito alla soppressione napoleonica dei conventi (1810), la cittadella fu trasformata in magazzino militare. Nel 1871 il Comune di Padova acquistò una parte del convento per ospitare la Scuola Normale Femminile e Maschile, istituita nel 1868 per preparare i maestri elementari del nuovo Regno Unito d'Italia. Nel 1923, con la riforma Gentile, la Scuola Normale si trasformò in un Istituto Magistrale, successivamente intitolato ad Amedeo di Savoia Duca d’Aosta.
Alla fine degli Anni Novanta il tradizionale corso quadriennale delle Magistrali, soppresso con D.M. del marzo 1997, è stato sostituito da una formazione liceale: 27 ore settimanali di lezione al biennio e 30 ore settimanali di lezione al triennio.
Il Duca d’Aosta propone attualmente due indirizzi: il Liceo delle Scienze Umane e il Liceo delle Scienze Umane, opzione Economico-sociale con bilinguismo (inglese/francese o inglese/spagnolo).
L’indirizzo “Scienze Umane, tradizionale” si caratterizza per l’attenzione a problematiche psicopedagogiche, mentre l’indirizzo “Economico/Sociale” prevede in tutto il quinquennio anche l’insegnamento di diritto ed economia politica, a cui le Scienze Umane si legano.
Con questa ridefinizione della propria identità, la scuola risponde alle esigenze di un nuovo iter formativo, aperto alle problematiche di una società in rapida trasformazione.