Il Museo di Scienze Archeologiche e d’Arte conserva un numero contenuto ma significativo di reperti riferibili all’antica Patavium ovvero la Padova di età romana: sono reperti sia provenienti da scavi urbani, sia pure riferibili all’attività di collezionisti di varie epoche; a questi si aggiunge un modello moderno ad uso didattico.
Al collezionismo rinascimentale e precisamente alla collezione Mantova Benavides, appartiene una statua di offerente rinvenuta a Padova agli inizi del sec. XVI d.C. e risalente al I sec. d.C. Essa è accostabile a tipologie note nell’ambito del culto isiaco, culto di provenienza egizia, documentato nell’antica città romana.
Un’interessante serie di testimonianze archeologiche proviene invece dal centro città, dalle aree universitarie che furono oggetto di interventi edilizi durante il rettorato di Carlo Anti, che era archeologo e direttore del Museo e dell’Istituto di Archeologia. Il Rettore pose particolare attenzione al recupero del materiale archeologico che andava emergendo dagli scavi ed ebbe cura di destinarlo al Museo, all’epoca in corso di costruzione, dove si trova tuttora.
Il lotto più consistente viene dagli scavi per la realizzazione dell’ala nuova di Palazzo Bo, che ebbe luogo nel 1938. Sotto il complesso moderno ancora oggi si trovano i resti straordinariamente conservati dell’antico ponte romano a tre arcate detto di San Lorenzo, uno dei più antichi e meglio conservati tra i ponti romani di Padova, databile tra il 40 e il 30 a.C. Gli scavi voluti da Anti contribuirono a chiarire il rapporto di Padova con il fiume che la attraversava in antico, il Meduacus, il cui corso corrisponde all’attuale Bacchiglione e che scorreva nel mezzo della città, come ricorda Tito Livio, flumen oppidi medium. Le indagini evidenziarono la presenza di strutture commerciali in stretta relazione con il fiume e con il ponte, fra le quali si ricordano le banchine del porto fluviale e una grande struttura porticata, posta proprio al di sotto delle nuove strutture realizzate per volere di Anti.
In precedenza, nel 1936, durante gli sbancamenti per la costruzione del nuovo edificio della Facoltà di Lettere e Filosofia in piazza Capitaniato, il palazzo Liviano, era emersa a tre metri di profondità una struttura antica. Si tratta di un pavimento romano, un cementizio a base fittile, pertinente con ogni probabilità ad una ricca domus della prima metà del I sec. a.C. I rinvenimenti di altri lacerti di pavimenti romani succedutisi in zona indicano una destinazione residenziale di questa area della città durante il periodo romano, la cui organizzazione tuttavia non è ad oggi del tutto definita.