Fu Giovanni Canestrini, come scrisse Enrico Tedeschi, il suo successore alla direzione dell’Istituto di Antropologia dell’Università di Padova, «(…) sagrificando del proprio, a rendere possibile, in tanta miseria di Stato, il sorgere di un Gabinetto di Antropologia nell’Università di Padova». Nelle raccolte grazie a cui Canestrini potè dare inizio alle collezioni del Museo di Antropologia, vi sono sia reperti archeologici sia reperti antropologici, sia infine reperti scheletrici di primati. L’antropologia, concepita nella seconda metà dell’Ottocento come disciplina volta ad esplorare a tutto tondo la complessità dell’animale “uomo”, comprendeva allora, nel suo vasto campo d'indagine, studi legati ai resti scheletrici umani (in particolare studi craniologici e craniometrici) e di primati, e alle tecniche di conservazione dei resti umani. I reperti antropologici introdotti da Canestrini riflettono in pieno queste caratteristiche della disciplina ottocentesca.

Oggi, la collezione antropologica del Museo di Antropologia a cui Giovanni Canestrini diede l’avvio si è arricchita di decine di migliaia di altri reperti, tra i quali si trovano sia resti scheletrici (si pensi ad esempio alla collezione osteologica introdotta da Enrico Tedeschi nei primi decenni del ‘900), sia numerosi reperti etnografici, provenienti da Africa, India, Estermo Oriente, Oceania, Americhe. La consistenza di questi reperti etnografici all’interno della collezione è tale che oggi si può a ragione parlare di una collezione “antropologico-etnografica”.