Fu Giovanni Canestrini, come scrisse Enrico Tedeschi, il suo successore alla direzione dell’Istituto di Antropologia dell’Università di Padova, «(…) sagrificando del proprio, a rendere possibile, in tanta miseria di Stato, il sorgere di un Gabinetto di Antropologia nell’Università di Padova». Nelle raccolte grazie a cui Canestrini potè dare inizio alle collezioni del Museo di Antropologia, vi sono sia reperti archeologici sia reperti antropologici, sia infine reperti scheletrici di primati. L’antropologia, concepita nella seconda metà dell’Ottocento come disciplina volta ad esplorare a tutto tondo la complessità dell’animale “uomo”, comprendeva allora, nel suo vasto campo d'indagine, studi legati ai resti scheletrici umani (in particolare studi craniologici e craniometrici) e di primati, e alle tecniche di conservazione dei resti umani. I reperti antropologici introdotti da Canestrini riflettono in pieno queste caratteristiche della disciplina ottocentesca.

Oggi, la collezione antropologica del Museo di Antropologia a cui Giovanni Canestrini diede l’avvio si è arricchita di decine di migliaia di altri reperti, tra i quali si trovano sia resti scheletrici (si pensi ad esempio alla collezione osteologica introdotta da Enrico Tedeschi nei primi decenni del ‘900), sia numerosi reperti etnografici, provenienti da Africa, India, Estermo Oriente, Oceania, Americhe. La consistenza di questi reperti etnografici all’interno della collezione è tale che oggi si può a ragione parlare di una collezione “antropologico-etnografica”.
 

All’interno della serie dei “Cataloghi speciali” redatti da Giovanni Canestrini, che ancora oggi sono conservati presso il Museo di Zoologia dell’Università di Padova, si trova un “Catalogo speciale degli oggetti preistorici”. Questo elenco, che Canestrini iniziò a stilare nel 1879, contiene circa un centinaio di reperti archeologici risalenti alle fasi preistoriche e protostoriche. Perché dei reperti archeologici entrarono a far parte di un Gabinetto di Antropologia, anziché di un gabinetto archeologico? Perché, nella seconda metà dell'Ottocento, erano visti come dati a supporto delle scienze antropologiche, che permettevano di far luce sulle caratteristiche dell’animale “uomo” nelle fasi più antiche della sua vita sulla terra, e di dare concreta testimonianza dell’antichità di tale specie. I reperti raccolti da Canestrini diedero origine pertanto a quella che ancora oggi è conservata presso il Museo di Antropologia ed è nota sotto il nome di “collezione paletnologica”; questo termine, oggi utilizzato per lo più in ambito accademico, indica precisamente l’archeologia preistorica e protostorica.

Oggi, la collezione paletnologica del Museo di Antropologia a cui Giovanni Canestrini diede l’avvio si è arricchita di decine di migliaia di altri reperti, provenienti dall’Italia, dagli altri paesi europei, da Africa, Vicino Oriente e Americhe. La collezione è stata implementata dai successori di Canestrini grazie all’acquisizione di vaste collezioni private e grazie a scavi e ricerche condotte in prima persona sul territorio.